Desde la terminal (Si te gusta Linux/Línea de comandos)
Si prefieres usar la terminal (como la que se asoma abajo en tu captura), la herramienta estándar de oro es Pandoc.
Instala Pandoc y las herramientas de PDF:
sudo apt install pandoc poppler-utils
Convierte directamente ejecutando:
pdftotext archivo.pdf - | pandoc -f plain -t markdown -o archivo.md